Fountaine Pajot wurde 1976 von Jean-François Fountaine, Yves Pajot, Daniel Givon und Rémi Tristan gegründet. Sie teilten alle die Leidenschaft für das Segeln und den Wettkampf sowie den Traum, ihre eigene Werft  zu gründen und neue Maßstäbe im Bau von Performance-Katamaranen zu setzen.

Mittlerweile, nach 50 Jahren, mehr als 4000 gebauten Katamaran und über 50 verschiedenen Modellen, zählt die Werft zu den erfolgreichsten und renommiertesten Werften der Welt.

An den beiden Standorten La Rochelle und Aigrefeuille werden inzwischen über 300 Boote pro Jahr mit modernsten Produktionsverfahren erzeugt und in alle Reviere der Welt exportiert.

Fountaine Pajot ist seit Juni 2007 an der Börse Euronext in Paris unter dem Kürzel ALFPC gelistet und zählt zu den finanzstärksten Unternehmen in der Yacht-Industrie.

2017 wurde das Produktportfolio mit der Übernahme der Werft Dufour weiter ausgebaut.

Heute ist die Werft mit diversen Segel Katamaran Modellen zwischen 40″ und 80″ und seit 1998 auch mit Power Katamaranen bis zu 80″ bestens aufgestellt.